据中国农业科学院兰州兽医研究所研究员刘湘涛介绍，口蹄疫病毒到目前已确定了7个血清型：O、A、C、SAT1、SAT2、SAT3和AsiaI型。口蹄疫病毒的血清型特点为该病的防疫工作带来了困难。
　　根据农业部的消息，我国暴发的口蹄疫主要以O型为主，目前国内普免的疫苗也以O型为主。而自从2013年我国广东茂名暴发A型口蹄疫案例以来，A型口蹄疫逐步成为养猪人士担心的又一疫病。根据OIE的数据显示，2013年全球A型口蹄疫异常活跃，A型口蹄疫流行范围进一步扩大，成为2013年流行的主导血清型。
　　“猪场没必要免疫A型口蹄疫疫苗。”茂名某规模化猪场老板陈明俊(化名)告诉南方农村报记者，理论上，虽然A型和亚洲1型口蹄疫病毒感染均可引起猪发病，但从我国几十年有记载的口蹄疫流行历史来看，猪口蹄疫最常见的仍是O型。个别年份虽偶尔出现A型或亚洲1型流行的情况，但流行的范围都非常小，发病也都是以散发为主，而且经过选用相应血清型疫苗紧急免疫，疫情亦很容易快速被控制，对于发病猪场而言，实质性影响其实非常有限。因此，我国养猪业仍应以O型口蹄疫为主。如果把A型和亚洲1型也纳入日常生产免疫预防计划，口蹄疫的免疫预防工作量势必非常大，得不偿失。
　　而据业内资深行业人士透露，目前我国还没有猪用A型口蹄疫的疫苗，也尚未正式许可在猪群上使用A型口蹄疫疫苗。为提高口蹄疫疫苗的效率，国家强制免疫用口蹄疫疫苗将逐步执行新的疫苗质量标准。“基本上按照新标准执行后，口蹄疫疫苗的产品质量能够得到大幅度提升，养殖户不必太担忧个别血清型的暴发情况。”
免疫前将疫苗恢复到室温
　　虽然目前不少养殖户都会普免O型口蹄疫疫苗，但免疫失败的案例比比皆是。“防控口蹄疫，不要总拿疫苗无用、病毒变异说事。”湖南农大动物药业技术总监朱中平认为，目前有国家批文的口蹄疫疫苗是有效的，猪场口蹄疫是完全可以预防控制。之所以会出现出栏时疾病易发情况，是因为养户免疫程序出现了问题，或是猪群免疫密度没有达到80%以上，或是没有注意观察免疫前后猪群的健康状况。“健康状况不好的猪群，不仅严重影响疫苗免疫效果，而且有可能导致亚临床感染猪群因注射疫苗应激而暴发疾病。”
　　防控口蹄疫除免疫程序外，免疫操作一定要规范。据广东省农业科学院动物卫生研究所杜伟贤介绍，在疫苗使用前，要等疫苗恢复到室温之后再使用，以减少应激反应；其次，疫苗要充分摇匀，在疫苗使用中，要避免高温和日照，疫苗打开后要在当天用完；最后要认真阅读疫苗使用说明书，严格按要求的免疫方法、部位、剂量等进行免疫。
　　除以上的细节外，广州市益豚猪业投资有限公司副总经理黄少彬认为，疫苗注射部位的深度也要把握好。“疫苗要注射到肌肉中，假如注射到肥膘内则不易吸收，或吸收缓慢，吸收不完全，极易引起发炎发热，导致牲畜不良反应。”黄少彬介绍，最好使用12号稍微长一点的针头，进入深部肌肉，注入疫苗速度稍慢，防止疫苗由于注射速度过快、抽针太快而倒流，致使家畜注射部位红肿、产生炎症，影响注射效果。必须要求注射时确保一畜两颗针头，一针一棉球，防止交叉感染。