鉴别诊断：由于鸡大肠杆菌在临床上的表现呈多样性，因此大多数病例仅靠临床症状和病变很难确诊。确诊应结合病原的分离和鉴定，排除其他病原感染(病毒、细菌、支原体等)经鉴定为致病性血清型大肠杆菌，方可认为是原发性大肠杆菌病；在其他原发性疾病中分离出大肠杆菌时，应视为继发性大肠杆菌病。其他许多微生物可引起类似于上述鸡大肠杆菌引起的病变。如滑膜炎一关节炎可由病毒、支原体、葡萄球菌、沙门氏菌及其他微生物引起。可从雏鸡和胚胎卵黄囊内单独或同时分离到多种微生物，如克雷伯氏菌、芽孢杆菌、葡萄球菌、肠球菌及梭菌等。心包炎也可由衣原体引起，巴氏杆菌和链球菌也可引起腹膜炎。气囊炎可由支原体、衣原体和其他细菌引起。急性败血症疾病也可由巴氏杆菌、沙门氏菌、链球菌和其他微生物引起。引起肝脏肉芽肿的原因很多，如真菌属和拟杆菌属的厌氧菌。 
如何诊断鸡大肠杆菌，大肠杆菌特效药