艾美耳球虫几乎能够对所有的抗球虫药物产生耐药性。因此使用抗球虫添加剂应有一个合理的用药方案，以确保药物的作用效果，延缓球虫耐药性的产生，从而有效地预防和控制球虫病的发生。
                
    轮换用药方案。轮换用药是使用一种抗球虫药物一段时间以后换用另一种药物，一般以鸡的批次或3个月至半年为期限进行轮换。轮换用药的原则是替换药物之间不能有交叉耐药性，其化学结构不能相似，作用方式不要相同，药物的作用峰期也不要相同。一般在化学合成药物和聚醚类抗生素之间轮换，或聚醚类抗生素中的单价离子药物和双价离子药物之间轮换。短期轮换则可在抑制球虫第一代裂殖体的药物和抑制第二代裂殖体的药物之间轮换。轮换用药法一般应有3~4种以上的药物轮换使用。例如，饲养的第一批鸡使用氯苯胍，第二批鸡使用马杜拉霉素，第三批鸡使用拉西洛菌素。轮换用药是通过改变不同化学背景的药物来预防和控制球虫病，因而能较大限度地阻止球虫产生耐药性，作用效果也较好。
            
    应用新药方案。抗球虫药物种类繁多，每年都有新药物上市。一些新药物比较高效，抗球虫谱广和毒性低，所以抗球虫指数高，且不易产生耐药性。例如，杀球灵就是一种新型广谱抗球虫药物，具有高效、用量低、毒性低等特点，在饲料中以1毫克/千克的用量，就能有效地抑制和杀灭各种球虫，且对增重和饲料转化率无不良影响，其作用效果优于多种常规的抗球虫药物，是目前用药浓度最低，作用效果最好的一种抗球虫药物。因此在使用常规药物的同时，有计划有间隔地使用新药物，能起到很好的作用效果。
           
    联合用药方案。联合用药法是一个饲养期内同时应用两种或两种以上的抗球虫药物。联合用的抗球虫药物应作用于球虫的不同代谢环节，才能产生协同作用或相加作用，这些药物还不能有耐药性和交叉耐药性。联合用药时，一种药物可以弥补另一种药物的不足，所以能扩大抗球虫谱，延缓球虫耐药性的产生，从而提高作用效果和药物的使用期限。例如，氨丙啉只对柔嫩艾美耳球虫、毒害艾美耳球虫和巨型艾美耳球虫有效，与乙氧酰胺苯甲酯联用，除对以上3种球虫有效外，对堆型艾美耳球虫和布氏艾美耳球虫也有效，扩大了抗球虫谱。另外，氨丙啉与磺胺喹?啉，二胺嘧啶与其他磺胺类药物，氯羟吡啶与苯甲氧喹啉联用，也有较好的作用效果。联合用药较适宜于春季等球虫高发季节和球虫高发地区。
            
    穿梭用药方案。穿梭用药是在同一饲养期内不同的生长阶段交替使用不同的药物。一般在同一批鸡的育雏阶段和生长阶段进行二药穿梭或在小鸡、中鸡和大鸡饲养中进行三药穿梭。穿梭用药使用的抗球虫药物的化学结构和作用方式不要相同，并且在球虫高发阶段使用高效抗球虫药物，低发阶段使用低效抗球虫药物。例如，在育雏阶段使用盐霉素，生长阶段使用球痢灵；或者雏鸡饲料使用氯羟吡啶，青年鸡饲料使用莫能菌素，成鸡饲料使用球痢灵。穿梭用药法由于针对生长阶段用药，因此在一定时间内效果较好，且能延缓耐药性的产生，但长时间使用较易产生耐药性并可能产生交叉耐药性。因此穿梭用药法中化学合成药物的使用期一般不要超过1个月，聚醚类抗生素使用一般不要超过6个月。
            
    连续用药方案。连续用药就是在一定时期内，在鸡的整个生长期连续不断地使用一种作用效果较为明显的抗球虫药物，以完全抑制球虫卵囊的形成，从而预防和控制球虫病的发生。这种方法一般适用于抗球虫指数高，产生耐药性较慢的抗球虫药物，并适宜在饲养周期较短的肉用仔鸡和新饲养场应用，但使用时间不能过长，以防止较快产生耐药性。