鸡群感染球虫病会表现鸡体消瘦，肉髯与冠苍白或发青，盲肠球虫病排出鲜红色的血便，如治疗不及时，死亡率达50％以上，其他球虫的血便为暗红色。
   
　　当球虫在肠粘膜上皮细胞进行裂体增殖时，破坏肠粘膜，造成大量的肠上皮细胞崩解和肠道发炎，肠道炎性变化和毛细血管破裂，致使大量的体液和血液流入肠腔，造成贫血、消瘦、血痢。
   
　　哈氏艾美尔球虫侵害十二指肠和小肠前段，特征性变化是肠道上出现针尖大小的红色圆形出血点。
   
　　毒害艾美耳球虫损害小肠中段，肠管暗红色肿胀，肠壁扩张、松弛、肥厚和严重坏死。肠浆膜上有明显的球虫增殖的白色小点和密密麻麻针尖样小出血点相间在一起，肠腔中有凝固的血液，该型会造成雏鸡的大批死亡。
   
　　巨型艾美尔球虫侵害小肠中段，肠管一般外观正常，肠内有橙色黏液，严重时有血凝块。
   
　　布氏艾美尔球虫主要侵害回肠，肠管明显增粗，表面粗糙，呈灰褐色。剪口外翻，肠壁明显增厚，肠粘膜粗糙，有严重的糜烂和坏死脱落，与肠内容物、血液结合形成坚硬的肠栓，或松散的深褐色的渣状物，此种病变偶有发生。
   
　　柔嫩艾美尔球虫主要侵害一侧或两侧盲肠，盲肠显著肿大，是正常盲肠的3～4倍，浆膜有大的或连片的出血斑，盲肠内充满凝固的或新鲜的血液，盲肠壁增厚，有严重的糜烂．甚至坏死脱落，与盲肠内容物、血液凝固结合形成坚硬的“肠栓”，有时回肠也会有同样的病变。该型同样会使雏鸡大批死亡。