种蛋在孵化前的储存保管与制订正确的孵化措施，是预防胚胎性疾病的基本措施。在孵化过程中，对活胚胎的观察以及对死胚胎的剖检时，如大部分病例确诊为营养性胚胎病，必须引起高度重视，及时改善种鸡饲料与饲养管理。根据胚胎剖检时发现的病理特征，常常能够准确地确定种鸡饲料中某些营养物质的不足。一旦发现大批胚胎营养不良性疾病时，应维持稍高的孵化温度和迅速减低湿度，有时有助于雏鸡的孵出。
 
    严禁以发生急性疾病愈复不久或患有慢性传染病的种鸡所产的蛋作孵化之用，必须注意消除这些传染因素，特别要注意孵化厅的卫生措施。蛋的消毒目前国内最好的方法还是用甲醛蒸汽烟熏，一般用三个浓度(3X)烟熏20分钟，然后，排出甲醛气体。防控胚胎病主要是从“预防为主”的原则出发，应注意搞好种鸡群的饲养管理工作，使种蛋能有完全的营养成份。保证种鸡群的健康，不使有蛋源性传染病的存在。否则，不但由于种蛋死胚而影响孵化率，而且，所孵出的雏鸡常常是养鸡场传染来源之一。此外，还要做好种蛋保管工作和健全孵化制度，避免发生由于种蛋贮存不当和孵化方法不善而带来的胚胎病。