真菌感染可以根据一些部位的病变初步诊断。
   
    口腔部可见口腔溃疡，上皮细胞脱落。掰开喙，可看到口腔粘液拉粘丝且灰白状（正常的应为晶状透明的）无臭味。咽部：水肿，极少充血。多呈白色略黄气管：外观，白色或淡黄色，不透明。也有的气管红一块白一块，成斑斓状，红多白少。气管内有白色分泌物或黄色分泌物，污浊，分泌物能拉很长的黏丝（不同于细菌和病毒感染）嗉囊：急性的、内涵酸败的饲料，内膜脱落，嗉囊膜变薄透明无弹性，看不到上面的毛细血管。慢性的：嗉囊内膜局部脱落，有的内膜上有节结（念珠菌）。腹部：切开胸部可见胸部皮下有条状白色物质。被一层类似丝绵状的网罩住，附着在胸肌表面。腹部皮下脂肪表层位于脐带处呈放射状网状发黑，或者就像贴了一层黑网。有的脂肪为深杏黄色。腿部：可见大腿内侧肌肉败血状，神经颜色变淡或灰白色，腿肌上有带状云状出血。腿关节坏死。腹腔内脏器的变化：首先看肠系膜发黑。
  
    小肠肠道外观是乳白色的。严重的肠道变粗。肠壁变薄透明，可见内容物，小肠内膜脱落。肠壁毛细血管消失。直肠：严重出血。粘膜脱落。肌胃：内容物变成黑色，鸡内金颜色变黑。角化，严重的上面有穿孔。内金和肌肉不易剥离。腺胃：松弛，无弹性。严重的腺胃肌胃之间穿孔。腺胃乳头萎缩。可清晰的看到腺胃乳头底部肌肉中的毛细血管。肌肉颜色发暗。肝脏：颜色变深发紫，边缘尤甚，有的整个变黄但不增大（和脂肪肝区别）后期严重的就是“橡皮肝”。胆囊：早期，是正常的5---6倍，胆囊充盈。严重的后期胆囊萎缩气囊：气囊膜浑浊，表现为黄色、青色。膜增厚。膜上有的有小点梅花状，有的有灰色或者黄色附着物。在气囊膜和肺脏及肋骨3点交界处常有豆腐渣样物颜色为深橙色（和霉形体区别）。这一点非常重要，是判断的依据。肺脏：有的坏死，有的充血。严重的肺脏内的血管形成栓塞。心脏：膨大是正常的2--3倍。心包积液。心室内膜异常。死亡的鸡心房存有大量淤血。脾脏略肿大。肾脏肿。胰腺出血。