为了预防传染病的发生，养殖场必须制定合理的免疫程序以保护鸭群健康。一个地区鸭群可能发生的传染病不止一种，而可以用来预防这些传染病的疫苗(菌苗)的性质不尽相同，在鸭体内所产生的抗体能足够抵抗病原微生物侵袭的期限(免疫期)也不同。因此，一定的鸭群在使用多种疫苗(菌苗)来预防不同疾病，也需要根据各种疫苗(菌苗)的免疫特性来制定预防接种的次数和时间，这就形成了在实践中使用的免疫程序。一个合理的免疫程序能够很好的预防疾病的发生，并尽量减少因为疫苗免疫给鸭群造成的应激反应。因此，种鸭免疫应避开产蛋高峰，雏鸭免疫应考虑母源抗体的存在。给鸭群打的预防针既要减少人力、物力的浪费，又要提高免疫质量，关键要看免疫效果。鸭场可根据本地区和本场疾病发生情况，适时、适度地引入疫苗进行免疫，例如在鸭肝炎的高发区疫区或受肝炎威胁的地区就必须进行鸭传染性肝炎的免疫。 
  
    疫苗免疫，对鸭群本身是一种应激，为了减小这种应激，可在饲料或饮水中添加多维电解质。不同季节，免疫接种要注意必要的细节问题。使用油乳剂灭活疫苗时，先要将疫苗恢复至室温，否则注射到皮下的疫苗形成疫苗团而不易吸收；夏季气候炎热，疫苗接种时，首先要保证充足的饮水，并且尽量将免疫时间安排在清晨凉爽的时候。免疫中，要不断摇匀疫苗，使每只鸭都能获得等量有效的抗原免疫。接种组织弱毒苗时，免疫全程时间最好控制在1.5小时内，以防疫苗在温度过高的鸭舍中长时间暴露而影响病毒的免疫活性。