隐孢子虫病是由隐孢子虫寄生于呼吸道和消化道粘膜上皮微绒毛而引起的疾病。我国已发现禽类有2个种，即引起鸡、鸭、鹅、火鸡、鹌鹑法氏囊和呼吸道的贝氏隐孢子虫，以及引起火鸡、鸡、鹌鹑肠道感染的火鸡隐孢子虫。 鸡隐孢子虫的一生一般可以分为四个阶段：脱囊、裂殖生殖、配子生殖、配子生殖、孢子生殖。
   
    脱囊：即感染性子孢子从卵囊中释放出来。在鸡体内全部卵囊脱囊约需8h，在鹌鹑体内约需6h。裂殖生殖：即在上皮细胞上进行无性繁殖。从卵囊中释出的子孢子，钻入宿主上皮细胞，头部变圆，子孢子缩短，尔后形成滋养体。由滋养体进一步发育为含8个裂殖子的第一代裂殖体。成熟的裂殖体破裂，释放出8个裂殖子。第一代裂殖子经滋养体发育为第二代裂殖体，每个裂殖体内含有4个第二代裂殖子。第二代裂殖子以类似的方式形成含有8个裂殖子的第三代裂殖体。配子生殖：由第三代裂殖子发育为小配子体和大配子。成熟的小配子体含有16个子弹形的小配子和1个大残体，小配子无鞭毛。小配子附着于大配子上受精，受精后大配子即发育为合子。合子外层形成卵囊壁后即发育为卵囊。孢子生殖：即在卵囊内形成感染性的子孢子。隐孢子虫卵囊有厚壁型和薄壁型两种。厚壁型的数量多，薄壁型的数量少。孢子化卵囊内含有4个裸露的子孢子。薄壁型卵囊外覆一层单位膜，当卵囊从宿主细胞的带虫空泡中释出时，单位膜破裂，感染性的子孢子立即钻入附近的宿主细胞，重新开始新的发育过程，这样就造成了隐孢子虫的自身感染，以致于即使在摄入少量的隐孢子虫卵囊后也能引起严重的感染。大多数卵囊则发育为多层的、对外界环境有抵抗力的厚壁型卵囊，并随粪便排出体外，由此而引起其他易感禽类的感染。