“如果你使用了正确的菌株，恰当的剂量，在适宜的时候，给予恰当周期的益生菌添加剂，你肯定会取得非常好的效果。”——Niels Hjornholm
微生态制剂是针对宿主动物消化道的菌群，通过外源添加益生素—活菌类，或补给对目标菌种有促生长作用的益生元—寡糖类，以获得目标菌种在宿主动物胃肠道的优势地位，从而使目标菌种在宿主动物消化道中发挥主导性作用，对动物机体本身产生的营养或非营养性作用，都将起到积极作用。
近年来，随着禁抗呼声的日益强烈，大家都在广泛筛选抗生素的替代品，而微生态制剂则是备受关注的一类产品，同时也是争议最大的一类产品。究其原因，比较复杂，近年来微生态制剂安全性的问题已引起极大关注，有些厂家为了所谓的“产品差异化”和“菌株差异化”，将越来越多的细菌种类加到产品中，扩大宣传产品的奇特性能，由此对整个行业带来十分不利的影响。
一、综合一些权威文献和专家的看法，我认为微生态制剂的安全性主要有以下几点：
1.菌株的安全性
非致病性与非病原性是筛选菌种的首要条件。因此，首先必须确定菌株的安全性，其次应对该菌种的整个代谢循环进行系统的研究，明确其主要代谢产物与成分，分析其潜在的安全隐患。
有些益生菌的安全性是相对的，其致病性与非致病性也是相对的，与其所处的生态环境密切相关，例如正常微生物菌群因定位转移和宿主转换都可能使宿主致病。一株现在无毒副作用的菌种，也可能因理化、微生物毒素和菌种本身原因引起负性突变，或通过与含有抗药因子的菌种交换基因物质而产生抗药性。所以定期对生产菌种进行长期安全试验检测，是十分必要的。
我国已明确规定了饲料中允许使用的微生物种类，在此基础上生产的活菌及其代谢产物，只要按照合理浓度正常使用，是可以保证安全的。
2.菌区菌种平衡
微生态制剂所针对的是胃肠道的菌群平衡，胃肠道的菌群平衡一旦被不适宜的外来菌群所破坏，产生的影响有可能是致命性的，特别是对幼龄畜禽。因此在养殖动物，尤其是幼龄动物上使用微生态制剂，菌种的选择上应更加谨慎。
正常微生物菌群是指寄居在特定个体的无害有益的长期历史进化过程中形成的微生物群落或微生态系。正常微生物群一般可分为原籍菌群、外籍菌群和陌生菌群。原籍菌群是指其自身宿主个体对其无免疫反应或低免疫反应，是宿主个体固有的菌群。外籍菌群是由同种属不同宿主个体传来的，在血清型上或免疫上有一致性。陌生菌群是由不同种属的宿主传来的。正常微生物对宿主具有营养、免疫、生长刺激、生物拮抗等作用，是机体的生理组成部分。在动物正常肠道微生态系统中，优势菌群为厌氧菌，占99%以上，兼性厌氧菌和好氧菌不到1%。
3.使用剂量
微生态制剂的益生作用是通过有益微生物在动物体内一系列生长繁殖、新陈代谢来实现的，其最终效果同添加的益生菌的数量密切相关。根据大量试验总结，如果一种益生菌在盲肠内容物的浓度低于107个，该菌产生的酶及其代谢产物不足以影响宿主的正常生理功能；数量过多超过109个，超出占据肠内附着点和形成优势菌群所需的菌量，非但功效不会增加，反而造成浪费甚至是负面影响。微生态制剂用于特定养殖动物所需的菌群数量尚无统一的规定，德国有学者认为，仔猪饲料中加入微生态制剂其含菌量应达到（2-5）×105/g饲料，育肥饲料中加入每克达到105个芽孢杆菌，粪中大肠杆菌减少35%。而乳酸菌因制剂不同而有差异，其数量达到107个，一般添加量为0.1%-0.2%。
虽然活菌的数量是微生态制剂发挥作用的关键，但是在饲料中添加益生菌并不是多多益善，过量的益生菌反而会引起仔猪和仔鸡轻微腹泻，只有中低剂量的益生菌才能有效促进生长，提高饲料转化率。另外，应用微生态制剂尤其是外源性益生菌，过量添加后会破坏原有菌群平衡，削弱机体对外界摄入微生物的定植拮抗力（colonization resistance, CR），增加肠道负担，与宿主竞争营养等。所以，每种益生菌要经过多次严格的试验筛选出适宜使用参数，才可能达到好的效果。
二、关于安全使用微生态制剂的几点建议
1.严格按照《目录》标准执行
原则上不管是微生态制剂生产者，还是微生态制剂使用者，都应严格遵守国家农业部颁布的菌株目录，对于没有明确证明其安全性的菌株，应谨慎选择。
2.不建议使用基因工程菌，不选用抗生素选育的抗药益生菌
虽然我们可以通过基因工程的方法让益生菌获得、强化某些特性，但对其深远影响人们仍表现出谨慎的态度。而使用含有抗药因子的基因工程菌用作益生菌，其结果可能将会和滥用抗生素一样，制造出任何药物都无法消灭的“超级细菌”，给人类造成更大的威胁。
3.合理选择菌株类型，严格使用剂量
根据不同动物品种、不同生长阶段、不同养殖模式，应合理选择益生菌的种类及其使用剂量。一般原则是幼龄动物多选择乳酸菌、双歧杆菌等厌氧菌，成年动物可选择部分芽孢菌、酵母菌。幼龄动物、患病动物等，可以按照中、高剂量添加正常使用，成年动物一般按照低、中剂量添加。
关于微生态制剂安全性的问题还有很多，比如耐药性问题、养殖环境污染问题等，我们将进一步探讨，但只要科学、严谨、遵守自然科学规律选择、使用微生态制剂，我们将会取得巨大的经济效益和社会效益。