禽鞭毛滴虫主要侵害鸽，鸡鞭毛滴虫主要侵害火鸡，除鸽与火鸡外，鸡、鸭、鹅、鹰等也易感，其中幼禽发病严重。本病主要通过被污染的饲料和饮水而传播给鸡、火鸡；雏鸽为吞食成年鸽的“鸽乳”而被感染。

    上消化道感染的病禽表现食欲废绝，精神萎顿，嗉囊塌瘪，颈部常伸拉作吞咽状，眼有水汪汪分泌物，闭口困难，口中流出浅绿色至淡黄色粘液，并散发出恶臭味。下消化道感染的病禽表现精神沉郁，食欲下降或废绝，羽毛松乱，步态不稳，呆立喜卧，拉淡黄色水样稀粪，体重下降，呈昏睡状，直至死亡。禽毛滴虫侵害口腔、鼻腔、咽、食道和嗉囊的粘膜表层。

    口腔、鼻窦、咽、食道和嗉囊有凸起的白色结节或坏死性溃疡，并有干酪样分泌物。肝与肺亦常有硬的、白色至黄色的圆形或环形坏死灶。盲肠肿胀，粘膜溃疡，表面有干酪样渗出物，其他肠段也呈典型的炎症变化。