根据福建省政府印发的《福建省中长期动物疫病防治规划(2012—2020年)》，未来8年福建省将优先防治16种动物疫病，其中一类动物疫病有5种，分别是口蹄疫(O型)、高致病性禽流感、高致病性猪蓝耳病、猪瘟、新城疫；二类动物兽药营销网疫病有11种，分别是布鲁氏菌病、奶牛结核病、血吸虫病、狂犬病、马鼻疽、马传染性贫血、沙门氏菌病、禽白血病、鸭瘟、猪伪狂犬病、猪繁殖与呼吸综合征(经典猪蓝耳病)。

福建省还将重点防范14种外来动物疫病，包括9种一类动物疫病、1种二类动物疫病和4种未纳入病种分类名录但传入风险增加的动物疫病。

      到2020年，各设区市、平潭综合实验区及重点县（市、区）动物兽药营销网疫病预防控制机构实验室均具备有效开展动物疫病病原学监测的能力。