防疫是肉鸡饲养管理中重要的一个环节，肉雏鸡用疫苗免疫传染病的种类较多，如新城疫、传支、法氏囊、脑瘠髓炎、鸡痘等十几种，要防好，就要选“GMP”生产厂家，保证质量，科学地安排接种时间，把鸡新城疫、法氏囊、鸡痘、传支等病原体等病毒类疫苗，按使用时间、按要求的日龄顺序编排起来称为程序，按程序接种相应疫苗产生特异性抗体来预防相应传染病。
4日龄用肾传支疫苗滴眼，7日龄新城疫疫苗饮水，12日龄法氏囊苗饮水，21日龄注射禽流感疫苗，30日龄再各自加强免疫一遍，有好的鸡品种，没有好的免疫程序，没有好质量的疫苗，没有好的环境，没有好的管理，就等于没有好鸡养。甚至感染法氏囊、新城疫病毒传染病，以至造成鸡群数目的缺损，而使育雏群失败。