消毒剂要根据消毒的方式或消毒对象选择：
（1）饮水用消毒剂的选择 饮水消毒要求所有消毒药物对鸡的肠道无腐蚀和刺激，一般选用的药物为卤素类，常用的有路酸钠，漂白粉，二氧化氯等。
（2）喷雾用消毒剂的选择 喷雾消毒分两种情况，一种是带鸡消毒，主要是卤素类和刺激性小的氧化剂类的消毒剂，如双剂铵盐-碘消毒液，过氧乙酸，二氧化氯等，另一种是对空置的鸡舍和鸡舍内的设备进行消毒，一般选择氢氧化钠，过氧乙酸等。
（3）浸泡用消毒剂的选择 一般选用对用具腐蚀性小的消毒药物，卤素类是首选，也可以用酚类进行消毒。对于门前消毒池，建议用3%-5%的烧碱溶液进行消毒。
（4）熏蒸用消毒剂的选择  一般选择高锰酸钾和甲醛，也可以用环氧乙烷和聚甲醛，可根据情况进行选择。