临床症状与病理变化  
    1.临床症状　肠毒综合症在蛋鸡产蛋上升期和高峰期最易发生，由于该病虽然影响生长发育和产蛋性能，但引起的死亡率并不是特别大，所以往往被人们所忽视。有的养殖户由于对本病的认识不足，误认为是鸡种或饲料原因而没有及时治疗，造成鸡群产蛋性能表现不佳；或因鸡群体质下降导致其它疫病的继发感染而造成更大的经济损失。
  肠毒综合症是一种由多病因引起的以腹泻，过料，且粪便中含有血丝样，西红柿样粪便为特征的肠道疾病，他不是单纯的一种病原体引起的，而是由多种致病原共同作用的综合性病症。该病一年四季均能发生，但以夏、秋、冬季及气候和温差变化大的时候发生较多。以前该病多见肉鸡，青年蛋鸡偶有发生。近年来产蛋鸡感染该病越来越普遍，并且发病率逐年呈上升趋势。
肠毒综合症在蛋鸡产蛋上升期和高峰期最易发生，由于该病虽然影响生长发育和产蛋性能，但引起的死亡率并不是特别大，所以往往被人们所忽视。有的养殖户由于对本病的认识不足，误认为是鸡种或饲料原因而没有及时治疗，造成鸡群产蛋性能表现不佳；或因鸡群体质下降导致其它疫病的继发感染而造成更大的经济损失。
  2.病理变化
        剖检发现胸肌、腿肌萎缩脱水。肝、脾肿大、出血，肝实质脆弱易碎，肝表面有散在的灰黄色或暗红色出血。其主要病变在肠道，尤其在小肠，发病初期，十二指肠、空肠的卵黄蒂之前的部分肠黏膜增厚，颜色变浅，呈灰白色，似一层厚厚的麸皮，极易剥离；肠壁也增厚，肠腔空虚，内容物较少，时而见到一些未消化的饲料。严重的在小肠中后段充满橘黄色的柿子样、鱼肠样或胡萝卜样物质。
        发病的中后期，肠壁变薄，肠黏膜脱落，肠内物呈蛋清样、粘脓样或柿子样，肠壁上有溃疡状坏死灶，肠内充满泡沫样液体。部分病例大肠壁上坏死灶凹陷达到黏膜肌层，甚至引起肠壁穿孔，形成腹膜炎和肠黏连。病程稍长的病例，肠内容物呈淡黄色或污红色，肠壁上散有土黄色大小或形状不一的麸皮样坏死灶。卵泡发育不整齐，成熟和未成熟卵泡偏少，输卵管内有星状出血点，并有少量豆腐渣样分泌物，输卵管肿胀，弹性较差，子宫部黏膜增厚水肿并有出血现象。
          小肠球虫的感染
   由于小肠球虫在肠粘膜上大量生长繁殖，导致肠粘膜增厚，严重脱落及出血等病变、几乎使饲料不能消化吸收，同时，对水分的吸收也明显减少，尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象。这是引起蛋鸡粪便变稀，粪中带有没消化的饲料的原因之一。是产蛋因饲料消化吸收不良出现下降的原因，包括蛋壳色泽变陈旧的原因。
            肠道内环境的变化
      大量的实验资料表明：在小肠球虫感染的过程中，小肠球虫在肠粘膜细胞里快速裂殖生殖，因球虫的大量增殖需要消耗宿主细胞的大量氧，导致小肠粘膜组织产生大量乳酸，使得鸡肠腔内PH值严重降低。由于肠道PH值的改变，肠道菌群发生改变，有益菌减少，有害菌大量繁殖，特别是大肠杆菌、沙门氏茵、魏氏梭菌等趁机大量繁殖，球虫与有害菌相互协同，加强了致病性。
        肠道内容物pH值的下降，会使各种消化酶的消化能力下降，饲料消化不良，另外，PH值的下降，会刺激肠道粘膜，使肠的蠕动加快加强。消化液排出增多，饲料通过消化道的时间缩短，消化时间减少，导致饲料消化不良。由于肠的蠕动加快加强，胆囊分泌的胆汁迅速从肠道排出，与没消化的饲料混合在一起，形成该病的特征性粪便——略带浅黄色的粪便。
饲料中维生素、能量和蛋白质的影响
调查中发现，饲料营养越丰富，发病率越高，症状也越严重，品质较低的饲料相对发病率较低。这是因为，在球虫与细菌的混合感染中，大量的能量、蛋白质和部分维生素促进二者大量繁殖，加重症状。
         自体中毒
    在发病的过程中，大量的肠上皮细胞破裂，在细菌的作用下，发生腐败分解，以及虫体死亡、崩解等产生大量有毒物质，被机体吸收后发生自体中毒。从而在临床上出现产蛋下降部分鸡先兴奋不安，后瘫软昏迷衰竭死亡的情况。