1%-2%的活仔有先天性缺陷，如隐睾病、阴阳猪、先天性震颤、脐疝或者腭裂。先天性缺陷不一定遗传，其原因常常未知。猪的胚胎从定植(大约在排卵后的12-18天)到开始形成器官(35天)之间这一段时间是非常敏感的。如果许多胚胎都死了，母猪就流产。如果畸形的仔猪胚胎存活了一段时间，它们就成为死胎或者木乃伊。有些仔猪生下来就是畸形的。

脐疝，腹股沟疝或者阴囊疝：原理是相同的，破裂点的肌肉太弱。腹腔中的内容物从肌肉间向下或者肿出来(还在腹膜内)，明显可见。如果一段肠道被夹住了，食物的通道就被打断了，炎症开始发生，仔猪最后可能会死亡。如果您的猪群中有很多疝气问题，提高仔猪保温箱的温度是一个好主意，这样仔猪就不会互相压在一起了，同时要预防脐带感染。

驼背的仔猪。肩后面的凹陷在仔猪较大以前通常不怎么明显。造成这种现象的原因是从肋骨到肋软骨的炎症。由于肺的可用空间受到挤压。这些仔猪常会形成肺炎。

仔猪互相压在一起不仅仅表明它们太冷，还是造成疝气的一个危险因子!一头仔猪躺在另一头仔猪上面会加大腹腔压力。原来就存在的肌肉较弱的点更加恶化，形成可见的疝气。

这头仔猪的耳朵扁平地贴着头，给人一种“赛马”或者“兔子耳朵”的样子。这类仔猪常有肺炎而且生产性能低下。出现这种先天性畸形的原因，至今仍不清楚。荷兰在20世纪90年代首次出现蓝耳病的时候发现大量此类仔猪。但是在蓝耳病阴性的猪场也有这种猪。

阴阳猪是既有阴户又有睾丸的猪，是一种常见的现象。它的肌肉和公猪类似，所以将其归入公猪/阉公猪中。

母系育种越来越将重点放在仔猪的活力/成活率上。显然初生重小于800g，在断奶前就死亡50%的仔猪不符合上述目标。随着对木系的目标性选育，“坏的基因”给选掉了，同时“好的基因”传给了下一代。而对终端父本的选育越来越强以避免出现遗传性的畸形，例如阴阳猪、锁肛、疝气、隐睾、先天性震颤、畸形和八字腿。