抗生素促生长剂被禁用后，兽医必须面对的家禽胃肠道疾病主要有：鸡球虫病，坏死性肠炎和非特异性肠炎（也称为菌落失调症）。
    1 鸡球虫病
    鸡的胃肠道疾病的防治关键在于控制消化道中球虫以及感染球虫后所引发的肠道病原菌的感染。在家禽养殖业的整个历史上，球虫病一直是全球最普遍和经常报道的影响家禽肠道健康和生长效率的疾病之一。球虫病主要由堆形艾美尔球虫、巨型艾美尔球虫、毒害艾美尔球虫和柔嫩艾美尔球虫等7种公认的球虫引起。虽然在现今的球虫病控制措施下，死亡率高的重症球虫病很少发生，但商品鸡群没有感染过球虫病的也很少见。球虫病还可引发鸡的坏死性肠炎等其它肠道疾病。尽管有控制措施，球虫病仍然会给家禽养殖业造成严重的经济损失。
    2 鸡坏死性肠炎
    引起坏死性肠炎的因素很多，但产气荚膜梭状芽孢杆菌是导致坏死性肠炎的一种普遍存在的厌氧性微生物。在一定的条件下，这种微生物能在肠道中繁殖，产生毒性较强的α毒素。家禽对α毒素很敏感。产气荚膜梭状芽孢杆菌在肠道中增殖的诱因有：
    亚临床的球虫病对粘膜造成损伤，使得梭状芽孢杆菌能够黏附到肠粘膜上并在此繁殖；
    饲料中淀粉和蛋白质的含量过高，导致肠道中有未消化的饲料存在；
    消化酶的分泌紊乱，使得消化率降低、肠蠕动减慢，因此促进了梭状芽孢杆菌的繁殖；
    当使用小麦、大麦和燕麦等作为能量饲料来源时，我们发现坏死性肠炎的发病率要比玉米作为能量饲料高。
    在欧洲，兽医观察到家禽临床性坏死性肠炎在肉鸡各日龄段都有发生，最早发病是在14-15日龄，高峰期在25日龄。其主要症状是：家禽精神沉郁、挤成一团、羽毛粗乱、生产性能降低。死亡率高达10%，但2%至6%的死亡率更为普遍。
    患临床性或亚临床性坏死性肠炎的家禽还会发现有严重胆管性肝炎的病症。只有在加工生产线上才发现鸡肉颜色差和黄疸、肝肿大，外观呈褐色和表面有结节或斑点、肉质等级明显下降（3%至5%）。梭状芽孢杆菌通常栖息于盲肠，但是如果肠道菌群的平衡发生改变，梭状芽孢杆菌在消化道前段大量增殖，导致坏死性肠炎和鸡的死亡，由于胆管连结着胆囊与肠道，梭状芽孢杆菌可能会转移到肠道上部而进入胆管，随后阻塞胆囊或进入肝脏，导致上述症状。
    3 鸡的菌落失调症
    菌落失调症是肠道内非特异性细菌积聚而导致家禽腹泻和鸡舍垫料潮湿的病症。鸡群的死亡率通常并不会高于正常水平。但是家禽表现出迟钝、昏睡和产生很稀、经常是恶臭的排泄物。通常使饲料转化率减少4至10个百分点，屠宰体重下降30至120克。
    菌落失调症的病因尚不清楚。但我们发现盲肠和小肠中包括产气荚膜梭状芽孢杆菌的很多种类的梭状芽孢杆菌的数量都增加。病毒分离结果表明，盲肠和小肠中也存在很多种病毒，如呼肠孤病毒、传染性支气管炎变异株病毒和传染性法氏囊病病毒。
    患菌落失调症的鸡宰后发现肠稍有鼓气，肠道内容物呈水样，十二直肠内侧有很多组织碎片和黄色的黏液，肝脏出现轻微的黄疸，可能是胆管被梭状芽孢杆菌堵塞引起的。
    鸡群的饮水量通常会增加。但是，有时在垫料变潮前饮水量会增加。这使得养殖场管理人员和兽医更精确地预测垫料变潮的开始时间而尽早采取预防措施。