禽类具有典型的后肠发酵特征，盲肠中一些微生物能够利用日粮中不可消化的物质，这些微生物的酶系在碱性环境中能够发挥最佳作用。但是有害菌如梭状芽孢杆菌、沙门氏菌和致病大肠杆菌等有害菌也同样喜欢在碱性环境中生长。健康的家禽，由于日粮消化率高，进入后肠的未消化底物成分相对较少，这些有害微生物很难在健康的禽类肠道中大量增殖。然而任何影响营养物质吸收的因素都可能使营养成分进入盲肠，被有害微生物利用，从而增加肠道疾病的潜在风险。
    除了能影响饲料成份的营养利用，微生物也能改变宿主的基因表达，微生态区系组成的排异性很强，表明微生物在宿主中的定殖需要高度的适应性和进化能力。这些微生物不仅需要在体外能长时间存活，进而可以在不同的动物个体间传染，而且需要能够短时间内定殖在肠道内并快速繁殖，这样才不会被动物排出体外。
    要做到这些，微生物的细胞表面结构必须使其能粘附于宿主上皮细胞，同时也不受宿主免疫识别和排斥的影响。作为复杂的肠道一部分，肠道中的微生物必须有适合的酶谱，同时要和肠道中其它微生物竞争才能在特定的位点生存。 所以微生态区系的组成随宿主，营养物质组成以及生理代谢因素等进行动态变化。