大肠杆菌对多种抗菌素都敏感，如庆大霉素、氯霉素、卡那霉素、新霉素、链毒素、氟哌酸等均有较好的治疗效果。但是大肠杆菌对药物极易产生抗药性，如果鸡场经常用上述几种药物防治本病，则会由于大肠杆菌对这些药物产生耐药性而降低治疗效果，因此用药物治疗时，应在感染早期对分离出的大肠杆菌进行药物敏感试验，选用敏感药物或选用本场过去少用的药物全群给药。
    如果是大肠杆菌和其它病原微生物的混合感染，则尚需选择对另一病原体同时有效的药物进行治疗。早期投药可控制早期感染的病鸡，促使其痊愈，同时可防止新的病鸡出现。大肠杆菌病发生的后期，病鸡体内会形成气囊炎、肝周炎、心包炎等病理变化，此时药物治疗效果不佳。
    也可使用中药方剂治疗：黄柏100克，黄连100克，大黄50克，加水1500毫升，微火煎至1000毫升，取药液，药渣如上法再煎一次，合并两次煎成的药液以1：10的比例稀释于饮水中，供1000羽自由饮服，每天一剂，连用三天。