为了减少禽舍中的有害病原菌，必须严格按照下列程序进行清洁和消毒，因为鸡舍是鸡群的主要的生活环境，鸡舍环境的卫生是保证鸡群正常生长发育的保障，做好鸡舍消毒是鸡舍环境卫生比较重要的一条，4步走，给鸡舍彻底消毒。
　　一、清扫
　　鸡出栏后，将鸡粪、垫料、顶棚灰尘等清扫出舍，可移动的设备和用具也要搬出鸡舍，并在指定地点曝晒、清洗和消毒。然后对鸡舍地面墙壁、顶棚及附属设施的灰尘、粪便、垫料、饲料、羽毛等一一清扫。为防止病原体扩散，应适当喷洒消毒液。对不易清洗干净的裂缝、椽子背面、排气孔口等地方，都要一处不漏地彻底清扫干净。
　　二、水洗
　　在清扫的基础上进行水洗。要使消毒药液发挥效力，彻底刷洗干净是有效消毒的前提。所以，地面上的污物经水浸泡软化后，应用硬刷刷洗，如能采用动力喷水泵以高压冲刷更好。墙壁、门窗及固定的设备用水洗与手刷，将污物刷净。如果鸡舍排出水设施不完善，应在一开始就用消毒液清洗消毒，同时对被清洗的鸡舍周围亦要喷洒消毒药。
　　三、干燥
　　一般在水洗干净后搁置1天左右使舍内干燥，如果水洗后立即喷洒消毒药液，其浓度易被消毒面的残留水滴所稀释，降低消毒效果。
　　四、消毒
　　①焚烧。用火焰喷射器对鸡舍的墙壁、地面、笼具等不怕燃烧的物品进行火焰消毒，特别是残存的羽毛、皮屑和粪便。②甲醛熏蒸。关闭门窗和风机，按每立方米空间用甲醛42毫升，高锰酸钾21克对鸡舍进行熏蒸。③喷消毒液。消毒液的喷洒次序应该由上而下，先房顶、天花板，后墙壁、固定设施，最后是地面，不能漏掉有遮挡的部位。常用的消毒药有0.3%的过氧乙酸、3%的烧碱、3%的来苏尔等。消毒药液的浓度是决定杀灭病毒、细菌能力的首要因素，因此必须按规定的浓度使用。注意鸡舍角落及物体背面，其喷洒量至少是每平方米2～3毫升。消毒后，最好空舍2～3周。