成鸡与雏鸡分开喂养，以免带虫的成年鸡散播病原导致雏鸡爆发球虫病。
    加强饲养管理：保持鸡舍干燥、通风和鸡场卫生，定期清除粪便，堆放;发酵以杀灭卵囊。保持饲料、饮水清洁，笼具、料槽、水槽定期消毒，一般每周一次，可用沸水、热蒸气或3%～5%热碱水等处理。据报道：用球杀灵和1∶200的农乐溶液消毒鸡场及运动场，均对球虫卵囊有强大杀灭作用。每千克日粮中添加0.25～0.5mg硒可增强鸡对球虫的抵抗力。补充足够的维生素K和给予3～7倍推荐量的维生素A可加速鸡患球虫病后的康复。
    免疫预防：据报道，应用鸡胚传代致弱的虫株或早熟选育的致弱虫株给鸡免疫接种，可使鸡对球虫病产生较好的预防效果。亦有人利用强毒株球虫采用少量多次感染的涓滴免疫法给鸡接种，可使鸡获得坚强的免疫力，但此法使用的是强毒球虫，易造成病原散播，生产中应慎用。此外有关球虫疫苗的保存、运输、免疫时机、免疫剂量及免疫保护性和疫苗安全性等诸多问题，均有待进一步研究。
    药物防制：迄今为止，国内外对鸡球虫病的防制主要是依靠药物。使用的药物有化学合成的和抗生素两大类，从1936年首次出现专用抗球虫药以来，已报道的抗球虫药达40余种，现今广泛使用的有20种。中国养鸡生产上使用的抗球虫药品种，包括进口的和国产的，共有十余种。
    氯苯胍：预防按30～33 mg/kg浓度混饲，连用1～2个月，治疗按60～66mg/kg混饲3～7d，后改预防量预以控制。
    氯羟吡啶(可球粉，可爱丹)：混饲预防浓度为125～150 mg/kg，治疗量加倍。育雏期连续给药。
    氨丙啉：可混饲或饮水给药。混饲预防浓度为100～125mg/kg， 连用2～4周;治疗浓度为250 mg/kg，连用1～2周，然后减半，连用2～4周。应用本药期间，应控制每千克饲料中维生素B1的含量以不超过10 mg为宜，以免降低药效。
    用加强氨丙啉预防，按66.5～133 mg/kg浓度混饲，治疗浓度加倍。强效氨丙啉和特强效氨丙啉的用法同加强氨丙啉，但产蛋鸡限用。
    硝苯酰胺(球痢灵)：混饲预防浓度为125 mg/kg, 治疗浓度为250～300 mg/kg，连用3～5d。
    呋喃唑酮(痢特灵)可混饲或饮水给药。预防浓度为100～200 mg/kg, 连用1 周，停药2～3d，如此重复使用;治疗浓度为300～400 mg/kg，连用1周，再改用预防量。使用本药必需注意与饲料或饮水混合均匀。
    莫能霉素：预防按80～125 mg/kg浓度混饲连用。与盐霉素合用有累加作用。
    盐霉素(球虫粉，优素精)：预防按60～70 mg/kg浓度混饲连用。
    奈良菌素：预防按50～80 mg/kg浓度混饲连用。与尼卡巴嗪合用有协同作用。
    马杜拉霉素(抗球王、杜球、加福)：预防按5～6 mg/kg浓度混饲连用。
    阿波杀：按40～60 mg/kg浓度混饲或饮水给药均可。
    常山酮(速丹)：预防按3 mg/kg浓度混饲连用至蛋鸡上笼，治疗用6 mg/kg混饲连用1周，后改用预防量。
    尼卡巴嗪：混饲预防浓度为100～125mg/kg ，育雏期可连续给药。
    杀球灵：主要作预防用药，按1 mg/kg浓度混饲连用。
    百球清：主要作治疗用药，按25～30 mg/kg浓度饮水，连用2d。
    磺胺类药：对治疗已发生感染的优于其他药物，故常用于球虫病的治疗。常用的磺胺药有：复方磺胺-5-甲氧嘧啶(SMD-TMP)，磺胺喹恶啉(SQ)，磺胺间二甲氧嘧啶(SDM)，磺胺间六甲氧嘧啶(SMM，DS—36，制菌磺)，磺胺二甲基嘧啶(SM2)，磺胺氯吡嗪，磺胺增效剂—二甲氧苄氨嘧啶(DVD)或三甲氧苄氨嘧啶(TMP)。