蛋白质在消化吸收过程中，不仅以游离氨基酸形式，而且也以短肽形式被吸收进入血液，转运至机体的各个组织器官参与蛋白质和矿物质的代谢。短肽的吸收因动物消化管结构不同而存在很大差异：反刍动物以短肽吸收为主，以氨基酸吸收为辅；单胃动物以氨基酸吸收为主，以短肽吸收为辅。短肽吸收的主要部位是瓣胃、瘤胃等非肠系膜系统，以小肠为代表的肠系膜系统也吸收一定数量的短肽。 短肽对畜禽有着重要的营养作用： 
    1.与游离氨基酸相比，短肽具有吸收速度快、耗能低、离子浓度较低、不易饱和、各种肽之间运转无竞争性与抑制性的特点，可以可阻止由于离子浓度高高而引起的腹泻，有利于畜禽健康。 
    2.短肽可使幼小畜禽的小肠提早成熟，促进小肠绒毛的生长。有些短肽如胸腺肽能促进淋巴细胞分化成熟，提高机体的消化吸收以及免疫机能，增强断奶仔猪应激能力，提高血浆中甲状腺激素的浓度，从而促进畜禽的生长，提高饲料的转化率。 
    3.一些特定的生物活性短肽可能成为抗生素的替代品，多种环状肽、糖肽和脂肽也句抗生素和抗病毒的活性。像抗生素一样，通过增加“好”细菌群来抗击致病菌，从而改善消化管功能。 
    4.短肽能促进氨基酸的吸收，提高蛋白质的沉积率。哺乳动物乳腺组织可直接利用短肽中氨基酸合成乳蛋白。 
    5.短肽能提高畜禽的生产性能，其原因可能与肽链的结构及氨基酸残基序列有关。一些肽在消化酶的作用下讲解产生具有特殊生理活性的短肽，能够直接被畜禽吸收，参与机体生理活动和代谢调节，从而提高其生产性能。如猪饲料中添加少量肽类可显著提高其生产性能和饲料利用律。 
    6.短肽可提高瘤胃微生物的生长繁殖速度，缩短细胞分裂周期，特别是刺激发酵糖和淀粉的微生物生长，从而提高粗纤维的消化利用率，节省精料的喂量。 
    7. 酪啡肽能增进采食、调节机体胃肠运动以及提高血液中胰岛素水平、促进淋巴细胞增生、调节动物免疫系统的功能、镇痛安眠等。