寄生虫病可发生于动物养殖过程的各个环节，不同品种、不同年龄、不同性别的动物均可感染寄生虫病。以前由于其发病症状不明显，不会造成急性死亡等原因，该类疾病没有引起足够的重视，导致了寄生虫病的大范围传播，给养殖业造成了巨大的危害。
    1 在用药物防治球虫方面
    自1939年使用氨苯磺胺以来，用于预防和治疗的药物曾达50余种，后因毒副作用或疗效不佳的原因陆续淘汰。多年来，人们在防治实践中根据球虫的生活史和药物的作用峰期，总结了像早期投药、轮换用药、穿梭用药、连续用药、渐减用药、联合用药等多种给药方法，虽然控制了局部鸡场或地区的某一时间段的病势发展，但本病仍从整体上顽固地、严重地威胁着养殖业，所造成的损失巨大。其中一个主要原因是球虫卵对环境消杀具有强大的抵抗力，众多的消毒药奈何不了球虫卵囊。他对低温也有一定的抵抗力，冰冻卵囊在繁殖一代后便恢复了致病力。在土壤中可保持活力达4～9个月，有树荫遮蔽的可达15～18个月。
    让药物防治显得迟滞的另一个原因是球虫的耐药性。由于抗球虫药使用剂量大，面积广，应用时间长，致使球虫对几乎所有的球虫药都产生了耐药性，且表现为多重耐药、交叉耐药。球虫的耐药特点是世代遗传还倍量相关，也就是说，上一代比如说用常量可以防治发病，到下一代时则必须用比这个常量要大的量才能防治住发病，这就使得抗球虫用药势必一再倍量使用才能有效。
    2 用药物防治还有操作不当的误区
    这主要有盲目用药、迟误用药、超剂量用药、不足量用药、不交替轮换用药等。其中盲目和迟误所造成的损失最大。在球虫发育史的早期阶段抑杀的最佳期是4天，也就是说，必须要在这4天内用药才是最有效的，而发病后再用药，只能保护未出现明显症状或尚为感染的鸡。已经重症感染的鸡，此时用药也不灵。
    药物防治鸡球虫的另一个问题是，有些药物会导致肠道菌群失调，干扰维生素的体内合成，进而影响增重。
    3 在应用疫苗防治球虫方面
    目前的推广面积不算大，效果不很理想。国内研制的球虫疫苗有弱毒株、强毒株之分，早熟、中熟、晚熟系和联合苗之分，使用上有喷料、饮水和喷洒垫料之分。多在2～5日龄应用。研究表明，球虫发育的每一个阶段，都至少有40个以上的主要抗原存在，其中只有15%具有免疫原性，而这15%的原性中，还很难确定哪些原性具有免疫保护作用。这就告诉我们，用球虫疫苗免疫，不论单苗还是联苗使用，都只能是部分地获得免疫保护。此外，这种活卵囊疫苗还会引起环境中球虫卵囊数量及原有球虫种群的生态变化，有时甚至是"引狼入室"的变化。既把原本发病厉害的球虫抑制住了，却引发另一种虫株的泛滥。有些疫苗接种后，副作用大，反应剧烈，会引起便血，这要在免疫后10～13天用常规药物连投2～3天，以便控制发病，这是很麻烦的事。