近年来，抗菌药的使用已经成为养殖业中的一部分，正确地使用抗菌药，能及时预防和治疗动物疾病，而且减少兽用药物残留。如果对抗菌药使用不当，会产生许多不良的后果。
    正确诊断是选择药物的前提，动物发病后，应及时通过病理剖检、临床诊断、实验室检测等各种诊断手段作出正确诊断，找出病因。每一种抗菌药物都有其相应的抗菌谱和适应症，应根据诊断结果，弄清楚病原菌的类型及其对抗菌药的敏感性，从而选择对病原菌高度敏感、副作用小的抗菌药物进行治疗；有条件的可以定期分离培养病原菌后，进行药敏试验，并根据病畜禽的患病轻重情况，来选用高敏药物。表1列举了兽医临床常见的革兰阴、阳性细菌感染选择用药的情况，供参考。
    抗菌药物要在机体内发挥杀灭或抑制病原菌的作用，必须在特定组织或器官内达到有效的血药浓度，在用药时要考虑药物在机体内的半衰期、药效以及维持时间，这就要求抗菌药物必须有合适的剂量、间隔时间及疗程。同时，血中有效浓度维持时间受药物在体内吸收、分布、代谢和排泄的影响。有关资料表明，有效血药浓度应至少大于最小抑菌浓度(MIC)，血药浓度如大于MIC值的2～5倍，可取得较好的治疗效果。因此，在考虑各抗菌药物的药物动力学、药效学特征的基础上，要结合畜禽的病情、体质等，制定合理的给药方案，包括给药途径、剂量大小、间隔时间及疗程长短等。此外，兽医临床药理学提倡要根据药物动力学参数制定给药方案，特别是对毒性较大、用药时间较长的药物，最好能够通过血药浓度高低的监测，作为用药的参考，以保证抗菌药物的疗效，减少不良影响的发生。一般来说，对于危重病例应以静脉注射或肌肉注射给药，消化道感染以内服为主，消化道感染并伴有败血症感染病例，在内服前提下，应配合注射给药。
    在应用抗菌药治疗畜禽疾病的过程中，除要密切注意药效外，还要注意可能出现的不良反应。对肝脏功能不全的病例，应禁用或慎用磺胺类药物，还应调整给药剂量或延长给药间隔时间，以尽量避免抗菌药物的蓄积中毒，同时还要注意抗菌药物在动物性食品中的残留问题。动物机体的体质状态不同，对药物的反应也有一定差异。体质衰弱或营养不良的动物对药物的敏感性较高，易产生不良反应。新生的幼龄动物，南于血脑屏障机能尚未完全形成，对药物的敏感性较高，所以，不少药物对幼龄动物可能出现明显的不良反应。许多抗菌药物，特别是磺胺类，用量过大或混饲时搅拌不匀，易引起畜禽中毒。在临床实践中，要注意所用抗菌药的规格大小，严格掌握用法用量，从而把对机体的有害作用降低到最小程度。一些抗菌药物能引起家禽的生产性能下降，如磺胺类药物可使产蛋量下降，用抗菌药物浸泡种蛋可降低孵化率，一些抗菌药能影响禽体的维生素平衡和免疫反应等。
    在兽医临床上，当动物病情危急或发生不明原因引起的严重感染、混合感染时，或者用～种抗菌药物难于控制病情时，可以考虑联合应用抗菌药物。联合用药一般限于两种抗菌药的联合，最多不宜超过三种。联合用药的目的在于扩大抗菌药的作用范围、提高疗效、减小剂量、降低或避免药物的毒副作用、减少或延缓耐药性的产生等。联合用药的基本原则是，所用的两种药物作用机理不同，并且联合应用时应具有协同作用。下表2列出了抗菌药可能有效的组合，以供参考。在兽医临床实践中，鉴于目前动物疾病复杂、混合感染增多的现状，联合用药是最有效的治疗手段之一。但是，因药物配伍禁忌造成药效降低、疾病不能有效控制的事件时有发生，可见，药物联用时配伍禁忌的问题不容忽视。所谓配伍禁忌是两种或两种以上抗菌药物配伍时，可发生两种截然不同的效果。第一是作用相加或协同。疗效增强，临床宜于多用；第二是存在药理作用相反，出现拮抗作用(如青霉素土霉素与的配伍)；或者两种药物发生化学变化，成为第三种物质(如青霉素与盐酸氯丙嗪、重金属相遇，则分解沉淀)；或者会增加另～种药物的毒性(如磺胺类药与氯化胺合用，氯化胺可使尿液酸化，增加磺胺对肾的毒害作用)等。南此可见，兽用抗菌药的合理配伍，可达到协同作用或相加作用，从而可增强疗效；配伍不当则可发生拮抗作用，使药物之问的相互作用抵消，疗效下降，甚至产生毒副作用。联合应用抗菌药应掌握适应症，争取协同配伍，避免拮抗作用。
    动物机体的免疫力是协同抗菌药的重要因素，在治疗过程中切忌过分强调抗菌药的功效而忽视机体内在因素，往往是导致治疗失败的重要因素之一。因此，在应用抗菌药物治疗感染性疾病的过程中，必须强调综合防治的重要性。根据患病动物的种属、年龄、病理状况，在治疗过程中应加强动物的饲养管理，通过改善动物舍内温度、湿度和卫生条件，并纠正机体酸碱平衡失调，辅以全价营养，补充能量，提高机体抗病能力，促进动物疾病的康复。因此，只有认真做好综合防疫措施，才能提高机体的抗病能力，充分发挥药效，减轻疾病的症状，从而更有效地控制疾病的发生。另外，在兽医临床实践中，应规定停(休)药期和药物应用限制要求。规定停(休)药期的目的是为了减少或消除药物及其代谢性产物在食品中的残留，以防止危害人体健康。对于肉鸡，一般在宰前7天左右应停止给药；对于产蛋鸡，在疾病治疗期间产的蛋一般不留做食用，以保证产品无药物残留。