现代养殖实践中都强调采用全进全出的饲养管理方式。经过一个饲养周期，畜舍均存在不同程度的病原体污染，为给下一个饲养周期营造清洁卫生的环境，必须进行彻底的消毒。其过程如下：
　　①腾空畜舍。将所有动物全部清转，同时实施昆虫(蚊、蝇、蜱、虱)、节肢动物及老鼠的 控制方案。
　　②清扫。对粪便、垫草、残余草料、垃圾等加以清扫，并堆积于 一定地方，做生物热消毒，如疑有可产生芽孢的 病原菌污染时，建议予以焚烧。
　　③清洗。包括浸泡、清洗和冲洗等方法，最好使用热水。常在清洗的用水中加入清洁剂和其他的表面活性剂，以便充分发挥清冼的作用。
    ④整修。为保持畜舍的完整和密闭。做必要的修缮，如填补地面裂隙、修理门窗及舍内其他损坏的设备。
　　⑤化学消毒。因为不同病原体对不同消毒剂的敏感性不同，建议采用不同消毒剂做2～3次消毒。第一次消毒可用碱性消毒剂，1%～2%热氢氧化钠可喷雾消毒，l0%石灰乳可用来粉刷墙面、圈栏和地面;第二次消毒可用酚类、卤素类、表面活性剂或氧化剂(如过氧乙酸)进行喷雾消毒。为提高消毒效果，美国农业部规定，喷雾压力应为3.4～67.5kgf/cm2，药液用量为1m2用稀释药液0.25～0.4L，喷雾消毒时，按消毒畜舍的顺序先后部再前部，先顶部墙壁，再地面;第三次消毒可用福尔马林熏蒸消毒。氧化法时，用福尔马林42ml/m3，高锰酸钾21g/m3，混合后即可产生高热蒸发。加热法时，用福尔马林25ml/m3，加等量水后一起加热蒸发。各次消毒间应有间隔，上次消毒后应冲洗、干燥后，再行下次消毒。
    带畜禽消毒的消毒剂应具有广谱高效、低毒性和低腐蚀性、黏附性较强的特点。带禽消毒，在高温育雏和寒冬季节应注意稀释用水的温度及保温措施，消毒剂最好每月轮换;鸡群接种弱毒苗的前后2d，共计5d内停止喷雾消毒。