目前我国蛋鸡养殖业还存在着很多问题，比如，养殖规模小且散乱、定价机制不完善、规避风险能力差等等，未来蛋鸡养殖的趋势必将极具现代化，规模化、特色化，由于现在大多数养殖户还处于小规模养殖，由于缺乏养殖方面的知识，造成养殖效益不好，甚至造成损失。有些养殖户发现蛋鸡病愈后产蛋性能不高，导致这一结果的原因是复杂的。
　　病原感染对卵巢和输卵管的破坏产蛋性能不高。对蛋禽卵巢和输卵管的亲嗜性决定了病原对生殖系统的破坏程度，亲嗜性越强破坏性越大，造成产蛋下降越严重。对蛋禽卵巢和输卵管具有亲嗜性的病原有：禽流感病毒、新城疫病毒、生殖型传支病毒和沙门氏菌、大肠杆菌等，尤其是禽流感病毒对卵巢和输卵管的亲嗜性最强，引起的损伤也最严重。
　　病原感染导致家禽内分泌机能紊乱。家禽的产蛋机能受到体内下丘脑-垂体-卵巢轴的内分泌调控，一旦内分泌功能失衡，直接导致卵泡发育紊乱。当家禽发病时，体内促卵泡素、促黄体素分泌减少，而引起卵泡发育闭锁，催乳素分泌增加，降低垂体分泌促黄体素，抑制卵泡发育，从而降低产蛋性能。同时催乳素还能抑制卵泡发育，降低产蛋率。
　　病原感染导致卵黄前体物合成不足。卵黄前体物主要由极低密度脂蛋白和卵黄蛋白原结合形成，极低密度脂蛋白和卵黄蛋白原的合成部位在肝脏，合成之后随血液运输并通过卵母细胞原生质膜受体介导和吞噬转移到蛋黄，满足卵黄的发育和成熟。当家禽发病损伤肝脏，出现瘀血肿大，这会降低卵黄前体的合成数量从而影响产蛋率。同时，肝脏又是转化合成与贮存维生素A的主要场所，而维生素A对于修复生殖器官黏膜损伤有重要作用，维生素A不足会影响卵巢、卵泡和输卵管功能的整体恢复。因此肝脏的加工和贮存功能受损，使产蛋的物质基础短缺，最终造成产蛋性能不高。
　　对肾脏的破坏直接导致机体生理状态发生改变。肾是家禽的排泄器官，清除体内代谢产物及某些废物、毒物，又经重吸收功能保留水分及电解质类物质，以调节水、电解质平衡，并维护体内酸碱平衡。肾脏又是内分泌器官，还具有内分泌激素的降解功能。肾脏的这些功能，保证了机体内环境的稳定，保证蛋禽产蛋性能正常发挥。当家禽发病时，尤其是感染对肾脏极具亲嗜性的肾型传支病毒、传染性法氏囊炎病毒、禽流感病毒、沙门氏菌等，这些病原均会对肾脏功能造成不同程度的损害，甚至出现严重的病变如肿胀、出血、尿酸盐沉积等，导致肾脏功能低下甚至衰竭，使机体内环境、新陈代谢紊乱，蛋禽产蛋性能下降，严重者导致死亡。
　　对消化道的影响造成机体恢复缓慢。消化道是动物机体营养的“供应商”，动物生命维持、生长发育均依赖消化道供应充足的营养物质。当家禽发病时，如新城疫、禽流感、球虫病、坏死性肠炎、霉菌毒素中毒等，均能导致消化道损伤，营养不能及时充分吸收而直接导致机体恢复缓慢，病程延长。
　　微循环障碍导致机体损伤。微循环障碍是血液成分的改变，使管腔狭窄，血液流速或减慢或血栓形成，使局部组织缺血缺氧甚至坏死，微循环发生障碍会使动物处于亚健康状态，甚至表现一系列临床症状，严重时出现死亡。人体医学已证明，微循环障碍是百病之源。因此健全的微循环功能是保证体内重要脏器执行正常功能的首要前提。当家禽发病后，病原进入机体尤其导致菌毒血症时，血液成分发生改变、血管通透性增大、血流缓慢等导致组织缺氧坏死。蛋禽卵巢变性、坏死就属于此，产蛋下降是必然，但这种病理性损伤需要一定时间修复。